Ludzki zegar biologiczny działa w ten sposób, że śpimy w nocy, bo największą senność mamy zwykle między 24 a 6. Natomiast niektóre zwierzęta nocne (kot, szczur) zazwyczaj zapadają w sen w ciągu dnia, bo ich zegar biologiczny zwiększa senność w ciągu dnia. Zegar biologiczny człowieka odpowiada za zwiększenie senności w nocy i zmniejszenie jej w ciągu dnia. Jeśli przychodzi noc i senność rośnie, a my stworzymy sobie warunki do spania (cichy pokój, wygodne łóżko), to wtedy po prostu zasypiamy. Podobne zwiększenie senności, występuje u każdego człowieka między godziną czternastą a szesnastą. Jest oczywiście dużo mniejsze, niż w ciągu nocy, w związku z tym jeśli musimy, to jesteśmy w stanie je przetrwać, jednak z medycznego punktu widzenia nie ma sensu z tym walczyć. Jeśli mamy warunki i możemy sobie pozwolić na półgodzinną drzemkę w ciągu dnia w tych godzinach, jest to jak najbardziej wskazane. Taka drzemka nie pogarsza snu nocnego, a zapewnia wyraźną poprawę kondycji na drugą połowę dnia.
Inaczej wygląda to w przypadku osób cierpiących na bezsenność – charakteryzuje ją zbyt mała potrzeba snu zarówno w nocy, jak i w ciągu dnia. Często w leczeniu pojawia się paradoks – zanim poprawi się sen nocny, pacjent zaczyna drzemać w dzień. Jest to pozytywny objaw, ponieważ oznacza, że na nowo odbudowuje się funkcja zegara biologicznego odpowiedzialnego za naprzemienną senność i czuwanie. Jeśli pacjent, który cierpi na bezsenność, czyli ma deficyt snu nocnego (śpi za krótko czy zbyt płytko), ma tendencje do drzemania w ciągu dnia, należy zalecić unikanie lub kontrolowanie drzemek, by nie trwały dłużej, niż piętnaście-dwadzieścia minut. Wynika to z klinicznych obserwacji – wiele pacjentów cierpiących na bezsenność w nocy, na skutek zmęczenia odsypia sobie później w ciągu dnia. Nie są przez to w stanie zasnąć kolejnej nocy. Po kilku tygodniach czy miesiącach takiej sytuacji dochodzi do odwrócenia rytmu. Tacy pacjenci zasną w ubraniu na fotelu, a nie są już w stanie w piżamie w łóżku. Dzieje się tak dlatego, że mózg zmienia skojarzenie snu. Zamiast z łóżka i piżamy – fotel przed telewizorem i ubranie, bo w tej sytuacji udaje się zasnąć. Dlatego należy w tym przypadku ograniczyć lub ściśle kontrolować drzemanie w ciągu dnia.
Nie istnieje takie pojęcie jak drzemka poranna, którą kojarzymy z popularną funkcją w budzikach. Mózg człowieka jest skonstruowany w ten sposób, że powinien albo spać, albo czuwać – nie ma stanów pośrednich. Wynika to z jego budowy i funkcji. Jeśli my przeciągamy stan zasypiania czy budzenia, to wprowadzamy niezdrowy objaw. Jeśli dzwoni budzik i człowiek nie jest w stanie się podnieść, to oznacza, że nie jest to jego naturalna pora budzenia się i być może wypada ona pół godziny wcześniej czy później. Moment, w którym się budzimy, wynika ze struktury snu. Sen składa się z dwóch odrębnych zjawisk – snu REM i non-REM. Sen REM związany jest z marzeniami sennymi i jest nam się łatwo obudzić w tej fazie – jesteśmy wtedy aktywni, ponieważ mózg jeszcze przed chwilą intensywnie pracował (śnił). We śnie non-REM ciężko jest się obudzić, ponieważ aktywność neuronów jest wyraźnie zmniejszona. W wolne weekendy i wakacje budzimy się w naturalny sposób i przypada to zawsze na fazę REM. Natomiast kiedy używamy budzika, nie zawsze trafimy na ten najodpowiedniejszy moment. Człowiek, który zawsze budzi się z trudem około godziny 6 czy 7, a dopiero około godziny 9 jest przytomny, nie może oczekiwać od swojego mózgu aktywności, jeśli nie zmieni godziny budzenia. Ociąganie się z przebudzeniem jest niezdrowe i może w efekcie prowadzić do bezsenności.